Budowę nowego, okazałego dworca kolejowego w Gdańsku umożliwiła niwelacja miejskich obwarowań, której dokonano w latach 90. XIX wieku. W 1896 roku rozpoczęto budowę nowego obiektu, który miał zastąpić nieodpowiadający już potrzebom podróżnych nieodległy dworzec Gdańsk Brama Wyżynna. Budowa nowego budynku zajęła 4 lata i pochłonęła 5 milionów marek. Od końca października 1900 roku pasażerowie mogli podziwiać korzystać z nowej wizytówki miasta.
Okazała bryła nowego dworca głównego, nawiązująca do gdańskiego renesansu, została zaprojektowana przez Alexandra Ruedella i Paula Thoemera. Obiekt składa się z centralnej części z dużą halą oraz przylegających skrzydeł: większego północnego oraz mniejszego południowego. W narożniku między halą główną a skrzydłem południowym zlokalizowana jest wieża zegarowa. O wysokości 48 metrów. Początkowo pełniła ona również funkcję wieży ciśnień. Miedziany hełm jest wariacją na temat zwieńczenia wieży nieodległego kościoła św. Katarzyny, będącego jednym z najbardziej znanych obiektów sakralnych mieście.
We wnętrzu hali głównej dworca pierwotnie znajdowały się między innymi przechowalnie bagażu, biuro rzeczy znalezionych, pokoje policjantów, portierów, a także kilka pomieszczeń przeznaczonych dla rezydującego we Wrzeszcz następcy tronu Cesarstwa Niemieckiego – Friedricha Wilhelma Victora Hogenzollerna. Większe, północne skrzydło mieściło w sobie poczekalnie dla pasażerów klasy 1 i 2 oraz osobna dla klasy 3 i 4, bufet, toalety i umywalnie. Do zespołu budynków dworcowych zaliczają się także budynek kas podmiejskich, zlokalizowany w północno – wschodnim narożniku dworca, a także budynek poczty, przesyłek ekspresowy i gmach biurowo – mieszkalny Esenbahndirektion (dziś Central Hotel), zlokalizowane na południe od głównego budynku.
Dzięki budowie nowego dworca szybko zintensyfikowano zabudowę w okolicy . Rozwój miasta i okolicy spowodowały, że dworzec dość szybko okazał się obiektem zbyt małym. W związku z tym już w 1914 roku dokonano jego rozbudowy, podczas której powiększona została północna część. Dzięki temu w budynku znalazła się sala kwadratowa jadalnia z przeszkloną obiektu oraz sala telegrafu.
Okres WMG oraz II Wojny Światowej
W 1918 roku Polska odzyskała niepodległość, lecz na mocy postanowień traktatu wersalskiego Gdańsk stał się wolnym miastem. Dworzec kolejowy pozostał jednak w zarządzie Polskich Kolei Państwowych. Podczas wybuchu wojny we wrześniu 1939 roku budynek dworca został zajęty przez wojska niemieckie. W marcu 1945 roku budynek uległ częściowemu podpaleniu. Na szczęście odbudowano go po zakończeniu działań wojennych. Jedyną zmianą względem przedwojennego wyglądu został pozbawiony spadzistych dachów nad północnym skrzydłem.
Po wojnie
W 1947 roku na dworcu uruchomiono pierwszy w powojennym Gdańsku telefon publiczny. Jednym z ciekawszych epizodów w życiu dworca była przeprowadzona w dniach grudniu 1954 roku akcja milicyjna wymierzona przeciwko osobom pijącym alkohol i zakłócającym spokój. W jej wyniku halę dworca zamieniono na otwartą dla publiczności salę sądową, gdzie zasądzane były kary grzywny. W kolejnym roku przed dworcem pojawiła się tablica, na której widniały zdjęcia chuliganów i osób nadużywających alkoholu, wraz ich danymi personalnymi.
Lata 60. Przyniosły wizję wyburzenia istniejącej zabudowy dworcowej i zastąpienie ją nową, odpowiadającą ówczesnym trendom architektonicznym. Planów tych jednak nie zrealizowano, a istniejący obiekt poddano remontowi, który został zakończony w 1964 roku. Budynek otrzymał wówczas na zewnątrz neonowe napisy „Dworzec Gdańsk Główny” oraz „Dworzec Kolei Elektrycznej”, dwa herby polski wyrzeźbione w piaskowcu na frontonie od strony dzisiejszej ul. Podwale Grodzkie. Ponadto, wnętrze hali głównej wyłożono popularną wówczas marmurową okładziną. W tym samym roku otwarta została restauracja i kawiarnia WARS. W 1965 roku wybudowano tunel prowadzący na perony, a także wyasfaltowany parking.
Przemiany na dworcu w obliczu przemian ustrojowych
Zmiana ustroju państwa przyniosła kolejne zmiany na dworcu. W latach 1992 – 1995 roku obiekt przeszedł kolejną modernizację. Odświeżono fasady budynku, wewnątrz zbudowano pasaż handlowy, zaś nad halą główną powstała antresola. Zamontowano także elektroniczne tablice informujące o odjazdach i przyjazdach pociągów. 30 marca 1993 roku na dworcu otwarto pierwszą w Gdańsku i Trójmieście restaurację McDonald’s, której funkcjonowanie zakończyło się wraz z początkiem września 2019 roku.
Przeprowadzona modernizacja połączona z próbą maksymalnej komercjalizacji powierzchni wewnątrz budynku okazała się nietrafiona. Wiele lokali handlowo – usługowych zlokalizowanych na dobudowanej antresoli pozostawało pustych. Ponieważ wspomniana dobudowana część zaburzała zabytkowy charakter wnętrza podjęto decyzję o jej zburzeniu, co nastąpiło w I kwartale 2013 roku.
Nowe życie, dawny blask.
Dworzec Gdańsk Główny, choć stosunkowo niedawno remontowany, nie grzeszył estetyką wnętrza w porównaniu do innych dworców w dużych polskich miastach. Polskie Koleje Państwowe postanowiły jednak przywrócić mu dawny, zabytkowy charakter, a zarazem poprawić jego funkcjonalność. 27 sierpnia podpisano z firmą Mostostal umowę na gruntowną przebudowę obiektu, wartą blisko 100 mln zł. Modernizacja będzie polegała na usunięciu zmian dokonanych w latach 90. XX wieku oraz wymianie stolarki okiennej i drzwiowej na zbliżone do pierwotnych, montaż nowego systemu informacji pasażerskiej, monitoringu. W budynku pojawią się nowe schody ruchome prowadzące do tunelu, dwuspadowe dachy nad północnym skrzydle. Odtworzone zostaną drewniane okna przy kasach biletowych, herby na ścianach w hali głównej i posadzki. Przebudowie ulegnie także plac przydworcowy. Modernizacja rozpoczęła się na początku września 2019 roku i potrwa 18 miesięcy. Po ukończeniu budynek wraz wyremontowanymi w ostatnich latach peronami dalekobieżnymi 1 i 2 oraz peronem SKM nr 3. będzie stanowił prawdziwą wizytówkę miasta.
